淡水清水巖祖師廟興建於昭和7年（1932年），是淡水街區四大廟宇之一，據傳在日治時期因淡水地區發生瘟疫，民眾奉請清水祖師遶境驅除病害，之後沿襲成為端午節當晚與隔天的遶境活動，並一直延續到今日，民眾熱烈響應，更被俗稱為「淡水大拜拜」。
據說早期清水祖師遶境僅有瘟疫發生時舉辦，日期並不固定，並多以民間認為陰煞出沒的夜間為主，明治年間就曾在7月連續3個晚上迎請清水祖師遶境以求驅瘟，直至明治43年（1910年）後，清水祖師遶境固定於在農曆5月舉辦，也因為遶境儀式的興盛並受民眾愛戴，為方便民眾日常參拜，地方鄉紳集資興建祖師廟，於昭和14年（1939年）竣工，並成為淡水街區新的地方公廟。
淡水清水巖祖師遶境祭典共包括農曆5月初五晚上暗訪，5月初六日巡及初七的犒軍儀式，暗訪屬於是驅逐瘟疫的主要活動，除了清水祖師出巡遶境之外，更有由清水祖師帶領5營部將前往遶境範圍4個方向的邊界進行儀式，藉以掃除境內邪魔陰煞，白天的日巡則由淡水在地廟宇派出陣頭參與隊伍，日治時期更會舉行陣頭比賽，而活動的最後1日犒軍則是以儀式慰勞押送陰煞、保護地方安寧的無形軍隊兵馬。
而也因為長年的民俗累積，至今每逢這2天淡水地區居民都會在家中準備香案迎接神明，並邀請親朋好友回家鄉吃飯，一起熱鬧、看表演，祈求地方平安，可說是淡水規模最大的廟會。
