金門縣南門境天后宮俗稱「小媽祖宮」，據傳始建於清代，根據光緒年間的《金門志》記載：「小媽祖宮在後浦南門（內並祀廠官爺）。」可由此窺見南門境天后宮在清代已是後浦地區重要的廟宇之一，與後浦渡頭的大媽祖宮並駕齊驅，至今亦有300多年歷史。
早年因為濱臨海邊，潮高期間海水可淹至廟前，現仍保有清道光年間的香爐及民國12年所立之「重修祖廟碑」，之後也經過數次重修，現今樣貌為民國84年重修而成，所謂南門境，指的是金門城的南門境域，而這裡所指的地理範疇是清代的後浦民城。
此外，《金門志》亦提及：「天后廟在後浦渡頭。南門亦有廟。在賢聚村者，稱西宮，宋時建；在料羅官澳者，明時建。」可見大媽祖宮與南門天后廟的始建年代相近，相較於重建的大媽祖宮，南門境天后宮保留了較為古老的格局，有機會前往金門的話，可以比較一下大小天后宮的建築差異。
金門南門小媽祖宮保留了較為古老的建築形式。（取材自金門南門境天后宮-南門媽FB）
