相傳在明朝末年，在南鯤鯓沙汕上捕魚的數十名漁民，突然聽到從海上飄來一陣樂聲，並出現一艘大帆船駛進南鯤鯓灣，隔日一早，漁民又回到港口查探，發現一艘破舊的小船停在岸邊，但裡面載有6尊神像，寫著：「大王李府千歲、二王池府千歲、三王吳府千歲、四王朱府千歲、五王范府千歲、中軍府」，並有神木和「代天巡狩」的旗幟，
此後，漁民供奉神像，只要出海捕魚必能滿載而歸，也因此神威遠播，隨著信眾增加，開始想要尋地建廟。在南鯤鯓代天府的發展史上，依建廟過程可以分為1662年起至1817年的草創期，1817年起至1923年的槺榔山開創期，以及1923年起迄今至今的槺榔山擴建期，相傳於明朝永曆16年（1662年）創建落成，並稱為「南鯤鯓廟」、「開基廟」，廟址風水為「浮水金獅活穴」，後因南鯤鯓沙汕遭沖毀，信眾重建時選於北門的槺榔山建廟，風水上則為「虎穴」。
移至槺榔山重建的廟宇後於日本時期又增築五王堤，保護基址，最後於自大正12年（1923年）開工，昭和12年（1937年）完工，廟中設置中軍府、城隍衙、天公壇、娘媽宮及增建左右兩廂等，民國39年（1950年）重修，民國60年（1972年）又增築廟前的頭門拜亭、萬善走廊、香客大樓及四周的園林建築等，民國72年（1983年）所增建的牌樓山門更成為南鯤鯓代天府的代表門面。
南鯤鯓代天府的牌樓山門雄偉壯觀。（取材自南鯤鯓代天府官網）
