說起鹿耳門天后宮的歷史，必須從臺灣的歷史說起，鹿耳門在300多年前荷蘭人據台時，因是寬闊的港灣，被稱為「台江內海」，荷蘭人也在現今臺南安平地區建立「熱蘭遮城」，作為政經中心，而明朝永曆15年（1661年）延平郡王鄭成功率軍抵臺，驅逐荷蘭人後，便為隨船鎮軍的3尊媽祖中的大媽搭建媽祖廟，供軍民膜拜，以鼓舞士氣，二媽則到了臺南山上，三媽現在於嘉義鎮座。
其後鹿耳門成為當時臺灣、廈門間的通商口岸，香火鼎盛，也於清康熙58年（1719年）年間，增建成為前殿祀媽祖，後殿祀觀音之天后宮，乾隆49年（1784）起，西港慶安宮更於每3年一次香科大醮時，到鹿耳門天后宮刈香，迄今仍繼續舉辦。
時至道光3年（1823年）因風雨導致曾文溪改道，泥沙淤塞台江內海，導致鹿耳門港口被廢，後發起重建，又於同治10年（1871年）因山洪暴發，天后宮遭沖毀，而隨鄭成功來臺的開基媽祖（鹿耳門媽）被搶救後奉祀於爐主家中，其他神明則奉祀於「府城三郊」水仙宮，並由水仙宮代為舉行一年一度的「普度」，這也是「鹿耳門寄普」由來。
民國35年（1946年）信眾於原廟址偏南處重建廟堂奉祀，至民國66年（1977年）時斥資新台幣2億餘元，才重新擴建成如今廟貌，走訪鹿耳門天后宮時，別忘了更深入了解這段與臺灣關係深刻的歷史。
鹿耳門天后宮經過時代更迭，至今仍守護台江地區（取材自北汕尾媽祖宮【鹿耳門天后宮】FB）
