近期有消息指出政府汙衊兩岸宗教交流造成民眾恐懼侵害宗教人權，內政部透過新聞稿表示，臺灣是民主開放、宗教自由多元的國家，現行兩岸政策尚未開放大陸人士來臺觀光參訪，國內宗教團體邀請大陸宗教人士來臺進行宗教專業交流需經過專案許可，受邀來臺的大陸人員必須是宗教人士，且須檢附宗教專業造詣或職務證明，並敘明大陸人士來臺之必要性、急迫性及不可替代性，據實填報是否具黨政軍職務。
疫情後迄今，國內宗教團體向內政部遞件申請大陸人士來臺從事宗教交流活動案件，計有70件，經許可的有5成左右，僅有1件因申請單位非宗教團體而不予同意，其餘則因文件不齊備、邀請來臺人士非屬宗教人士或有待釐清事項，退請其補正。內政部表示，只要依法提出申請並符合相關規定，政府並不會限制大陸宗教人士來臺進行宗教交流。
至於國人赴陸進行宗教交流部分，內政部則表示，現在政府並未禁止國人至對岸進行宗教交流，但從事兩岸宗教交流應符合政府規範，於秉持對等尊嚴原則下進行，藉此展現臺灣宗教與民間信仰的特色，增進兩岸人民相互瞭解，讓兩岸宗教交流發揮其應有的效益。 內政部強調，臺灣是民主開放、宗教自由多元的國家，宗教團體在符合現行相關法令規範下，進行健康有序的交流活動，向來持正面態度看待。
內政部以正面態度看待宗教交流活動。
